Importar arquivos muito grandes no MySQL sempre é uma batalha.
Uma das maneiras mais simples de se livrar dessa tarefa é usando o método abaixo.
Conectar no MySQL:
mysql -uUSUARIO -pSENHA -hHOST
Dentro do MySQL:
use NOME_DO_BANCO;
Após selecionar o banco que deseja importar os dados execute:
source /caminho/para/arquivo/dados.sql;
O MySQL irá começar a importar os dados do seu arquivo :-)